Первый способ: статус водного объекта (естественный или искусственный): река, озеро, болото - естественные, пруд, канал, водохранилище - искусственные.
Второй способ: размер и происхождение водного объекта: река, озеро, водохранилище - крупные водоемы, пруд, болото, ручей - малые водоемы.